مساله و چالش اصلی این پژوهش معطوف به مرحله اجرای احکام کیفری و مشخصاً حوزه اختیارات و وظایف قاضی اجرای احکام و نحوه عملکرد او در راستای تحقق بخشیدن به اهداف وضع مجازات‌ها از سوی مقنن است. اصولاً قاضی اجرای احکام برای تطبیق اجرای مجازات‌ها با اهدافی که از وضع مجازات‌ها مد نظر بوده است، با چالش‌هایی نظیر فقدان امکانات اجرایی مناسب، فقدان قوانین و مقررات مطلوب و کثرت پرونده‌ها روبرو است که در این پژوهش با روش توصیفی - تحلیلی بر روی آنها تمرکز شده است. البته برای رفع این چالش‌ها و امکان‌پذیر کردن اجرای احکام کیفری منطبق با اهداف وضع مجازات‌ها نیز امکان استفاده از راهکارهایی نظیر تهیه آیین‌نامه اجرایی مناسب، افزایش اختیارات قاضی اجرای احکام کیفری و افزایش امکانات اجرایی برای جلوگیری از تراکم کار پیش‌بینی شده است که قطعاً در تحقق اهداف وضع کیفر در مرحله اجرای کیفر توسط قاضی اجرای احکام تاثیرگذار خواهد بود. با توجه به اهداف و فلسفه وضع کیفرها، قاضی اجرای احکام کیفری برای اجرای مجازات‌ها، مکلف است که اهدافی نظیر سزادهی، ارعاب عمومی و خصوصی، اصلاح، درمان و بازپرور، عدالت استحقاقی و حمایت از بزه‌دیده را مد نظر داشته باشد و به نحوی عمل کند که این اهداف در الگوی اجرای کیفر محقق شود.

نتایج پژوهش بیانگر این است که قاضی اجرای احکام با چالش‌هایی نظیر فقدان امکانات اجرایی مناسب، فقدان قوانین و مقررات مطلوب، کثرت پرونده‌ها روبرو است که البته برای رفع این چالش‌ها و امکان‌پذیر کردن اجرای احکام کیفری منطبق با اهداف وضع مجازات‌ها نیز امکان استفاده از راهکارهایی نظیر تهیه آیین‌نامه اجرایی مناسب، افزایش اختیارات قاضی اجرای احکام کیفری و افزایش امکانات اجرایی برای جلوگیری از تراکم کار پیش‌بینی شده است که قطعاً در تحقق اهداف وضع کیفر در مرحله اجرای کیفر توسط قاضی اجرای احکام تاثیرگذار خواهد بود.