دیوان محاسبات از آغاز مشروطه تا تشکیل جمهوری اسلامی از نهادهای اساسی کشور بوده است. در متمم قانون اساسی مشروطه، اصول یک‌صد و یکم تا یک‌صد و سوم (سه اصل) به دیوان محاسبات اختصاص یافت. اگرچه در اصل یکصد و سوم ترتیب و تنظیم و اداره دیوان محاسبات را بر قانون عادی مبتنی کرد، لکن در اصل يکصد و یکم تصریح کرد: «اعضای دیوان محاسبات را مجلس شورای ملی برای مدتی که به‌موجب قانون مقرر می­شود تعیین خواهد نمود» و در اصل يکصد و دوم وظایف محوری و ماموریت اصلی دیوان را ذکر نمود. از آن تاریخ قوانین مختلفی به‌منظور اعمال مأموریت اصل يکصد و سوم و تعیین وظایف و ماموریت­ها و ساختار دیوان محاسبات، به تصویب رسید.

فرایند قوانین با ملاحظه رویکردهای آنها نشان از چالش­های بنیادین در ماهیت این نهاد چندوجهی دارد. اگر در یک بحث مستقل و مستوفی بتوان روند قوانین را تحلیل گفتمانی نمود این چالش­ها را به‌خوبی می­توان نمایان ساخت. یکی از چالش­های بنیادین، آن است که این نهاد با کدام قوه از قوای سه‌گانه کشور سنخیت و سازگاری دارد؛ یک وجه نظارتی دارد که طبعاً با قوه مقننه سازگاری دارد، در بُعد اجرایی با قوه مجریه هم‌سنخ است و در ضمانت اجراهایی که ماهیت قهری دارند و بسیاری می­توانند کیفر محسوب شوند، هم‌تراز مأموریت‌های قوه قضائیه کشور است. به نظر می­رسد متمم قانون اساسی مشروطه، با توجه به مأموریت اصلی که علی­القاعده با رئیسان و دادستان­های دیوان محاسبات و هیئت‌های مستشاری یا تصمیم‌ساز آن مرتبط است، دخالت مجلس را الزام کرده و در سایر امور اجرایی آن را به دولت قابل تحویل می­دارد اما تنظیم آنچه بعدها به لایحه تفریغ بودجه موسوم شد را مستقیماً و بی دخالت دولت و به‌عنوان گزارش تفریغ و نه طرح یا لایحه مستقیماً از دیوان محاسبات به مجلس قابل عرضه و ارائه می­داند.

اولین قانون با عنوان قانون محاسبات عمومی در سال ۱۲۸۹ شمسی در دوره دوم مجلس شورای ملی به تصویب رسید و بلافاصله در همان سال قانون دیوان محاسبات به تصویب همان مجلس رسیده است. قانون اخیر ساختار و نحوه رسیدگی دیوان محاسبات را مشخص می­کرد. در ادبیات قانون دیوان محاسبات اصطلاحات قضایی مانند محکمه، رسیدگی بدوی، تجدیدنظر و استیناف، مدعی العموم (دادستان)، وکلای عمومی (دادیار)، مجالس عمومی (هیئت عمومی)، احکام اعدادی، احکام قرینه، احکام موقتی، انفصال‌ازخدمت و کسر حقوق به کار گرفته‌شده است. انتخاب اعضای دیوان محاسبات شامل رئیس دیوان، اعضای محاکم و مستشاران دیوان با معرفی وزیر مالیه ورای مجلس شورای ملی بوده که هم وزیر مکلف به معرفی تعداد معین حداقل معادل دوسوم اعضای موردنیاز و هم مجلس در مواردی با اکثریت مطلق (رئیس دیوان و روسای محاکم) و یا اکثریت نسبی (اعضای دیوان) موظف به انتخاب بودند.

این قوانین در سال 1312 با تصویب دو قانون پی‌درپی با عناوین قانون راجع به محاسبات و قانون محاسبات عمومی نسخ صریح گردید. در قانون دیوان محاسبات رئیس دیوان رئیس شعبه اول است که پس از معرفی وزیر مالیه و تائید مجلس با حکم وزیر منصوب می­شود لذا فرمان همایونی برای نصب رئیس دیوان محاسبات حذف ولی مدعی­العموم از طرف وزیر مالیه و فرمان همایونی تعیین می­شد. همچنین تفریغ بودجه با تدوین لایحه تفریغ از سوی وزیر مالیه تکلیف شده بود. در سال ۱۳۵۲ این قانون منسوخ و نهاد دیوان محاسبات زیرمجموعه دولت و وزارت دارایی تعریف شد. در این قانون دادستان دیوان محاسبات نماینده دولت محسوب شده و از میان مستخدمان رسمی وزارت دارایی به‌وسیله وزیر تعیین و منصوب می­گردید. در این قانون برخلاف قبل فرمان همایونی حذف و مختص  به رئیس دیوان محاسبات شد لذا رئیس دیوان محاسبات بعد از تایید مجلس بافرمان همایونی منصوب می­شد. همچنین در این قانون برای  اولین بار  داشتن  مدرک لیسانس برای اعضای دیوان محاسبات شرط شد ولی مقید به تخصص خاصی اعم از مالی یا حقوقی نیست و تفریغ بودجه به‌وسیله وزیر دارایی به هیئت عمومی دیوان محاسبات ارسال و بعد از رسیدگی در هیئت عمومی دیوان محاسبات به انضمام گزارش هیئت از طریق وزیر دارایی به مجلس تقدیم می­شد.

با پیروزی انقلاب اسلامی و استقرار جمهوری اسلامی ایران، قانون اساسی در سال ۱۳۵۸ اصول ۵۴ و ۵۵ را به دیوان محاسبات کشور اختصاص داد. در اصل ۵۴ قانون اساسی تصریح شد که «دیوان محاسبات کشور مستقیماً زیر نظر مجلس شورای اسلامی است. سازمان و اداره امور آن در تهران و مراکز استان­ها به‌موجب قانون تعیین خواهد شد.» و در اصل ۵۵ قانون اساسی ضمن بیان وظایف کلی دیوان محاسبات کشور تصریح کرد که گزارش تفریغ بودجه هرسال به وسیله دیوان محاسبات کشور به انضمام نظرات خود به مجلس تسلیم می­شود. به نظر می­رسد با الحاق کامل دیوان محاسبات کشور به مجلس شورای اسلامی موجبی برای ارائه لایحه از سوی دولت برای قانون دیوان محاسبات کشور باقی نباشد و ساختار مزبور تنها از طریق طرح قانونی میسر می­شد. لذا در سال ۱۳۶۱ قانون دیوان محاسبات کشور تصویب شد و به تبعیت از قانون اساسی تصریح شد که دیوان مستقیماً زیر نظر مجلس شورای اسلامی می­باشد و رئیس و دادستان دیوان محاسبات کشور با معرفی کمیسیون دیوان محاسبات و بودجه مجلس به‌وسیله مجلس انتخاب می­شوند.

با رویکردی که در آغاز انقلاب وجود داشت هر نوع تصرف در حقوق و آزادی­های فرد و هر نوع کیفر و تنبیه را از شئون قضایی می­دانست و بالطبع در هر نوع تصمیمات کیفری محدودیت برای نهادهای غیر قضایی قائل بود و ظاهراً خلاف شرع می­دانستند؛ از این رو حداکثر تصمیمات دیوان محاسبات کشور جبران خسارات وارده به طور کلی و اجمال بود ولی به‌تدریج که اختیارات حاکمیتی اقدامات محدودکننده و شبه قضایی را شامل شد و خلاف قسیم جرم شناخته شد، نهادهای شبه قضایی و اداری امکان تنبیه اداری و حتی کیفری پیدا کردند لکن در تحولات دیوان محاسبات کشور این تصمیمات با امکان تجدیدنظر و رسیدگی به‌وسیله یک قاضی قوه قضائیه که با عنوان خاص حاکم شرع دیوان محاسبات کشور شناخته می­شود، هرچند غیرروحانی و غیر فقیه باشد، اقدامات شبه کیفری و محدودیت­های آزادی به‌وسیله این نهاد توجیه شرعی شد.

درهرحال امروز دیوان محاسبات با کارکردی مالی، نظارتی، کیفری، حقوقی با اعضایی که الزاماً تخصص حقوقی ندارند با چالش­های متعدد روبه­رو است. از سویی باصلاحیت مجلس شواری اسلامی در هر نوع تغییر در بودجه و نیز اختیار کامل در تفریغ بودجه و انفصال کامل دولت و دیوان محاسبات کشور، فرصت ابتکار عمل دولت در امر بودجه، که رکن مهم و اساسی مدیریت کشور است و قانون اساسی با التفات به ضرورت تمرکز اجرایی امور مالی و اداری در سال ۱۳۶۸ در اصل ۱۲۶ قانون اساسی این اختیارات را از اختصاصات رئیس جمهور می­داند، را گرفته است که مع­الوصف تفرق و تعدد ساختارهایی که گاهی در اجرا پهلو به نظارت می­زند چالش­های مدیریتی جدی ایجاد می­کند. از سوی دیگر محکومیت­های سنگین مالی و هم اداری و شبه کیفری مستلزم رعایت اصول دادرسی منصفانه است و در دیوان محاسبات کشور چنین تمهیداتی وجود کامل ندارد، چالش­ دیگری است که این نهاد با آن مواجه است. حقیقت آن است که مجلس خبرگان قانون اساسی به‌شدت نگران تمرکز قدرت بودند و این تجربه گرانسنگی بوده که در دوره قبل از انقلاب داشته­اند و نیز نگاه به قوه مجریه به دلیل تنوع ماموریت و اقتدار بالقوه بدبینانه نگریسته می­شده و گویی در قدرت اصل را بر فساد می­دانسته­اند، از این رو محدودیت­ها بر این قوه بیشتر وجود دارد.

اینک دیوان محاسبات جدای از مسائل مدیریتی و مالی موضوع مهمی برای تحقیقات حقوق عمومی و حقوق کیفری است. آقای رضا اعلائی قاضی فعلی دادسرای عمومی و انقلاب تهران در زمانی که دانشجوی کارشناسی­ارشد حقوق جزا و جرم­شناسی دانشگاه تهران بودند به چالش­های کیفری و دوگانه تنبیه اداری و محکومیت کیفری در دیوان محاسبات کشور و اقتضائات دادرسی توجه و التفات ویژه­ای داشتند و خیلی خوب بر این امر تسلط یافتند و با تأکید بر ارتباط دیوان محاسبات کشور و سایر محاکم و نهادهای قضایی، آن را محور پایان­نامه کارشناسی خود  انتخاب کردند و تحقیقی مناسب و جامع ارائه دادند که مورد تحسین هیئت رسیدگی‌کننده قرار گرفت. ایشان فروض مختلف کارکرد دیوان محاسبات کشور را تصور و مورد تحلیل و ارزیابی قرار می­دهد و اقتضائات آن را با دقت موردبحث قرار داده است و جرائم متصور در امور مالی در قانون مجازات و نسبت آن در رسیدگی­های دیوان محاسبات کشور را موردتحقیق و ارزیابی قرار می­دهد.