‌اصل قانونی بودن جرم و مجازات و آیین دادرسی کیفری از پایه­های اساسی حقوق جزای مدرن و امروزی است. تفسیر ساده این اصل اساسی و کاربردی این است که هیچ رفتاری جرم نیست مگر قانون آن را قابل مجازات بداند و صرفاً رفتاری جرم است که در قانون برای آن مجازات در نظر گرفته شده باشد؛ در نتیجه، هیچ جرم و مجازاتی و دادرسی بدون قانون وجود ندارد. این اصل آثار متعددی دارد از جمله اینکه؛ سکوت قانون جزا باید به نفع متهم تفسیر و اصل براِئت حاکم شود و قضات در مواجهه با سکوت قانون در قانون جزا از جرم انگاری و تولید جرم جدید ممنوع هستند. بعد از پیروزی انقلاب اسلامی؛ این اصل اساسی بعلت وجود اصل ۱۶۷ قانون اساسی و سپس برخی قوانین عادی؛ دچار چالش‌های اساسی گردید.

اصل ۱۶۷ که امکان مراجعه به منابع معتبر فقهی و فتاوی معتبر را در موضع سکوت قانون در کنار نقص ؛اجمال یا تعارض قانون لازم شمرده بود، با پیشنهاد مرحوم دکتر کاتوزیان و به تأسی از قاعده مندرج در آیین دادرسی مدنی در ممنوعیت عدم فصل خصومت در امور حقوقی و مدنی؛ وارد قانون اساسی شد، ولی به مرور زمان؛رویه قانونی و قضایی با نادیده گرفتن اصول ۳۶، ۱۶۶ و ۱۶۹ قانون مذکور، مفهوم این اصل را وارد قلمرو کیفری کردند. البته جدال در باب تکلیف سکوت شرع و شارع (نه در مواجهه با قانون) مبحثی قدیمی در میان فقهای عامه و امامیه است، اما با ورود مبحث و پدیده نوظهور قانون در مفهوم امروزی، این بحث با چالش­های اساسی­تری به خصوص در زمان قاجار و سپس در مشروطیت مواجه شد.

فقهای متقدم در دو گروه اخباری­گری و اعتقاد به اینکه همه در باب همه احکام؛ نصی در کتاب و سنت و حدیث وجود دارد؛ اعتقادی به سکوت در شرع نداشتند، در مقابل اصولیین با پیش کشیدن مباحث اصولی از جمله قیاس، استحسان، سد ذرایع، مصالح مرسله، اجتهاد و مصلحت با پذیرش سکوت شرع و نص، سعی کردند آن را با قواعد و اصول فقهی و با هدف رفع نیازهای جوامع جدید حل و فصل کنند. با پیشرفت جوامع و توسعه موضوعات و نیازهای جدید و ایجاد پدیده نوظهور و وارداتی قانون از غرب، فقهای متاخر سعی کردند در چالش شرع با قانون شیوه‌ها و مدل‌هایی را پیشنهاد تا بدین وسیله بتوانند با حفظ شریعت، خلاهای آن را با عناوین نظیر منطقه الفراغ، احکام ثانویه، احکام حکومتی و مصلحت پر کنند و تا حدودی موضوعات شرعی را در قالب جدید قانون جای دهند؛ قانون را با شرع و شرع را با موضوعات جدید تطبیق دهند. تبیین این موضوع نه تنها چالش فقها بلکه در عمل نیز چالش قانونگذاران در کشورهای اسلامی نیز بوده است. کشورهایی نظیر ایران، مصر، عربستان، عراق، افغانستان و سوریه هر کدام راهکارهایی جهت جمع و تطبیق قانون با شرع و تعیین اولویت هر یک، ارائه داده­اند و مشکل مزبور را در عمل حل کرده­اند و رویه قضایی آن کشورها نیز بر اساس تفکر و مدل فقهی_قانونی آن کشور شکل گرفته است.